Výkonný výbor SAUŠ má vytvorené svoje odborné komisie, ktoré sú poradnými orgánmi a ich návrhy a odporúčania podliehajú schváleniu výkonným výborom.
Komisie VV SAUŠ:
športovo-technická komisia a komisia akademickej reprezentácie – koordinuje činnosť športových komisií, zodpovedá za organizáciu a riadenie všetkých súťaží, predkladá návrhy nominácie akademickej reprezentácie na domáce a svetové podujatia
hospodárska komisia – zodpovedá za účelné využívanie finančných a materiálnych prostriedkov získaných pre zabezpečenie činnosti SAUŠ, za dodržiavanie smerníc, predpisov a iných zákonných opatrení. Spracováva a pripravuje podklady na prerozdelenie finančných prostriedkov na činnosť VŠTJ a VŠK.
medzinárodná komisia – zabezpečuje korešpondenciu s FISU, sleduje a vybavuje medzinárodnú korešpondenciu vrátane podkladov k účasti na SU a AMS